医系技官は、医師免許（または歯科医師免許）を持ち、行政官として医療政策に携わる国家公務員です。臨床医とは異なるキャリアですが、その給与体系や年収は将来を考える上で重要なポイントだと思います。ここでは、医系技官の初任給や給与制度から年齢・キャリアに応じた年収の推移、さらに地方勤務・海外勤務・災害派遣時の手当、医師としての経験・専門性が給与にどう反映されるか、そして病院勤務医など他の医療職との年収比較まで、公式情報をもとに解説します。
目次
初任給と給与制度：国家公務員としての医系技官
医系技官の給与は「一般職の職員の給与に関する法律」に基づき、行政職俸給表（一）（いわゆる中央官庁の一般的な俸給表）が適用されます。これは厚生労働省などで働く他の総合職行政官と同等の処遇であり、学歴や職歴に応じて初任給が決定される仕組みです。
- 初任給の目安: 医系技官として採用される際の基本給は、大学卒業の医師の場合「行政職俸給表(一)の2級1号俸」、大学院修了（博士号等）の場合「2級11号俸」からスタートするのが一般的です。これは他の国家公務員の初任給と同様の体系で決まります。実際の金額は毎年の人事院勧告等で変動しますが、新卒の医師が医系技官に就く場合、月給30万円台後半から40万円程度が一つの目安です（地域手当等を含む場合）。
- モデルケース: 厚生労働省の公表するモデルケースによれば、医師免許取得後2年（臨床研修修了直後）程度の係長級職員の場合で年収約560万円（月収約36万円）程度、免許取得後6年の課長補佐級職員で年収約640万円（月収約40万円）程度と示されています。これらには基本給に加え、医系技官に支給される初任給調整手当や本府省業務調整手当、地域手当、さらに期末・勤勉手当（年2回のボーナス）を含んだ年収モデルです。
- 安定した給与体系: 医系技官の給与は出来高払いではなく安定した固定給であり、診療報酬や患者数による変動はありません。毎年確実な定期昇給とボーナスが約束されている点で、民間病院の勤務医とは収入体系が異なります。人事院の調査によれば、医系技官（歯科医技官含む）の平均給与月額は約84万円（諸手当込み、残業代等除くベース）です。この水準から計算すると平均年収はおよそ1,100～1,300万円前後になる計算です。もっとも、これは年齢層や役職を含めた平均値であり、若手職員の初任給はこの平均より低い水準からのスタートです。
キャリアに応じた年収の推移：昇進とともにどう上がるか
医系技官はキャリアを積むにつれて役職（級）と号俸が上がり、それにともなって年収も上昇していきます。以下に医師免許取得後の年次を基準としたモデル年収の推移を示します。
- 免許取得後3年目（20代後半）: 年収約540万円（※月45時間の超過勤務を行った場合の見込みは約660万円）。臨床研修を終えた直後に医系技官となったケースで、主査・係長級相当のポジションにあたります。
- 免許取得後7年目（30代前半）: 年収約620万円（※残業45時間の場合約750万円）。政策立案業務にも慣れ、中堅職員として係長～課長補佐級に差し掛かる頃で、役職に応じた昇給が進みます。
- 免許取得後11年目（30代後半）: 年収約750万円（※残業45時間の場合約910万円）。課長補佐級から課長代理級程度になり、政策のとりまとめなど責任も大きくなる時期です。それに伴い基本給も大きく上がり、ボーナスを含めた年間収入がこの水準に達します。
- 免許取得後15年目（40代前半）: 年収約810万円（※残業45時間の場合約980万円）。管理職手前から課長級に近づくキャリアで、給与水準もさらに上昇します。課長級に正式に昇進すれば、年収は1,000万円を超えることもあります。
こうしたペースで昇給していき、さらに部長級・局長級といった高位の管理職に就けば、年収は1,500万円を超える水準になる場合もあります。医系技官は採用時からキャリア官僚相当の待遇であるため、国家公務員としては高い給与水準ですが、トップクラスのポストに就かない限り医師全体で見て特別な高給というわけではない点には注意してください。
昇進と俸給表の関係: 医系技官の昇給は他の行政職公務員と同様、「職務の級」と「号俸」の組み合わせで決まります。例えば課長補佐級に昇進すれば俸給表上の級が上がり基本給も大きく上昇します。逆に言えば一定年数ごとに確実に昇給するため、長期的に見れば緩やかではありますが定年まで右肩上がりの給与カーブを描くのが一般的です。
地方勤務・海外勤務・災害派遣に伴う手当と待遇
医系技官を含む国家公務員には、勤務地や職務内容に応じて基本給以外に様々な手当が支給されます。医系技官ならではの手当や待遇面のポイントを整理します。
- 地域手当: 勤務地域の物価や民間給与水準に応じて支給される手当です。勤務地が東京都など都市部の場合は基本給の20%程度（例：東京23区は20%）が加算されます。一方、地方都市や地域によっては15%、10%と下がり、指定された地域以外（5級地以下）では支給されない場合もあります。医系技官は厚労省本省（東京）での勤務からスタートするケースが多く、その場合は最大水準の地域手当が適用されます。
- 本府省業務調整手当: 中央省庁の本省勤務者に支給される手当で、医系技官も対象に入ります。省庁の政策立案業務は業務量が多くなりがちなため、特殊性を考慮して基本給の一部（数％相当）が上乗せされます。いわば霞が関手当とも呼べるもので、各府省共通に支給されます。
- 初任給調整手当: 医師・歯科医師など専門知識を要し補充が困難な職種に対して支給される特別手当です。医系技官もこの対象となり、採用後一定期間は毎月の基本給に加えて最大で約5万円の調整手当が支給されます。人事院の定める上限額は医療職俸給表(一)適用の医師等では月額約30万円ですが、医系技官のように行政職俸給表適用の場合は月5万円程度が上限です。この手当は経験年数に応じ段階的に減額され、一定期間後になくなります。
- 超過勤務手当（残業代）: 医系技官も他の公務員同様、規定の勤務時間外に働いた場合は残業手当が支給されます。政策業務は繁忙期に残業が発生しやすく、月45時間残業した場合の年収モデルが約＋100～150万円上乗せとなる試算もあります。忙しい部署では残業代だけで年間数百万円規模になることもありますが、公務員の超過勤務は勤務実態に応じた厳格な管理の下で行われますので注意してください。
- 地方出向時の待遇: 医系技官はキャリア形成の一環で地方自治体や出先機関へ出向することがあります。地方勤務となった場合、勤務地に応じた地域手当が適用され、本省勤務時に比べ給与水準が上下します。また本省業務調整手当は一時的に適用外となる代わりに、単身赴任となる場合は単身赴任手当や住居手当の支給、官舎の利用等のサポートがあります。いずれにせよ、公務員として身分は保障されているため待遇面の大幅な不利益なく全国で活躍できるよう配慮されています。
- 海外勤務時の待遇: 厚生労働省の医系技官は、将来的に在外公館（大使館）や国際機関（WHOなど）へ派遣されるチャンスもあります。海外勤務の際には、外務省の規定に基づく在外勤務手当（在勤基本手当）や現地物価に応じた住居手当等が支給され、生活費や危険地域手当なども含め総報酬が調整されます。例えば、在外公館勤務では勤務地ごとに定められた基準額の在勤手当が支給されるため、海外赴任中は国内勤務時より手当分だけ収入が増える形になります（ただし現地の物価水準に対応した補填的性格の手当です）。
- 災害派遣・緊急時の対応: 大規模災害や感染症危機など、医系技官が現地対応にあたる場合には特殊勤務手当が支給されるケースがあります。災害対策現場での活動や長期出張には、公務員共通の災害派遣等手当や日当（旅費）などが支給され、危険や負担に見合った処遇がなされます。加えて、公務災害補償制度により万一負傷等した場合の補償も手厚く確保されています。
医師経験・専門性は給与にどう反映されるか
医師としての臨床経験や専門資格は、医系技官の給与に直接的・間接的な形で反映されます。
まず、採用時の待遇決定において経験年数が考慮されます。厚生労働省の医系技官採用要項では、医師免許取得後の臨床経験年数によって応募区分が分かれており、例えば臨床経験6年以上の人は課長補佐級相当、2年以上で主査・係長級相当として採用試験を受けることができます。当然ながら、経験豊富な人ほど高い級で採用されるため初任給も高くなります。実際、前述のモデルケースで経験6年の課長補佐級が年収約640万円、経験2年の係長級が約560万円と示されている通り、臨床経験の差が初任給の差につながっています。
次に、初任給調整手当の存在も医師の専門性を給与に反映する仕組みです。医師資格は国家公務員の中でも専門性の高い資格であり、人材確保が困難な職種です。そのため医系技官として採用されると、上記の通り一定期間は月額数万円の調整手当が基本給に加算されます。これは医師としての専門性に対する事実上の優遇措置と言えます。
ただし、専門医資格や特定分野のスキルがあっても、それ自体で加算給が付くわけではありません。給与体系はあくまで行政職俸給表に基づくため、臨床医のように「◯◯専門医手当」といったものはありません。代わりに、専門性の高い医師はより責任あるポストに登用されやすい傾向があり（例えば感染症の専門医が感染症対策部署で昇進するなど）、結果的にポストの級が上がることで給与に反映されます。
また、医系技官は本業として政策立案に従事しつつ、一定の条件下で臨床兼業（週末のアルバイト診療など）が認められる場合があります。本務に支障がない範囲で臨床を続けることで技術を維持する人もおり、そうした兼業収入が副次的に得られるケースもあります。ただし公務優先であるため、大きな収入源とすることは難しく、あくまで技量維持や社会貢献の目的です。
総じて、医師としてのキャリアは医系技官の給与に主に初期配置と昇進を通じて反映されると言えます。逆に、医系技官として勤務する間は臨床現場のような出来高払いはないため、専門医だからといって直接高給になるわけではありません。しかしその専門性が政策の質を高め、結果としてキャリアアップに繋がることで、長期的には報酬面にも跳ね返ってくるのです。
他の医療職との年収比較：病院勤務医と比べて高い？低い？
最後に、医系技官の年収を他の医療職（特に臨床の医師）と比較してみましょう。結論から言えば、医系技官の年収は公務員としては高めですが、臨床医全体と比べると決して突出して高いわけではありません。むしろ若手～中堅期においては民間病院の勤務医の方が高収入となるケースが多いのが実情です。
厚生労働省「賃金構造基本統計調査（令和6年）」によると、日本の医師（勤務医）平均年収は約1,382万円と報告されています。この平均には幅広い年齢層・勤務形態の医師が含まれますが、例えば30代前半の勤務医の平均年収は約1,224万円に達しています。一方で同年代の医系技官は前述のとおり600～800万円台が中心であり、数字だけ見ると臨床医の方が高収入です。
特に、若い世代では差が顕著です。20代後半～30代前半で研鑽を積んだ臨床医は、夜間当直や手術件数に応じた手当などもあって年収1,000万円を超えることも珍しくありません。対して医系技官は、20代後半～30代は年収500～700万円台からスタートし、公務員として徐々に昇給する形です。このため「収入面では臨床医の方が恵まれる」という指摘もあります。
しかしながら、キャリア後半になってくると事情が変わります。医系技官として局長級以上（医務技監等）の要職に就いた場合、年収が大きく跳ね上がり、エリート臨床医並みあるいはそれ以上の報酬を得ることも可能です。一方、臨床医の世界でも役職定年や開業のリスク等がありますので、生涯収入で見れば公務員の安定性が勝る部分もあります。医系技官は定年まで身分が保証され、退職手当や共済年金（現在は厚生年金に統合）も含めたトータルの保障がある点は、公務員ならではの強みです。
つまり、医系技官の給与水準は「国家公務員としては良い方、医師としては平均的～やや低め」と言えるでしょう。もちろん金銭面だけが職業選択の基準ではありません。医系技官は国の医療政策に関わるやりがいや、安定した身分と福利厚生など金銭には代えられない魅力があります。実際に多くの医系技官は「国のために貢献したい」という志を持ってこの道を選び、給与面でのメリット以上に社会全体への影響力や使命感を重視して働いていると言われます。
まとめ: 医系技官の年収は、初任給こそ民間の臨床医より抑えめなものの、国家公務員として安定した昇給と手厚い手当が保障されています。キャリアを積めば年収1,000万円超も十分に可能であり、将来的に幹部候補となれば更なる高収入も期待できます。一方で、純粋な収入だけを追求するなら民間医局で専門スキルを活かした方が早いケースも多く、収入よりも公衆衛生向上への情熱や安定志向が医系技官というキャリアには求められます。 医系技官に興味を持っている医学部生にとって、これらの内容がキャリア選択の一助となればうれしいです。