2025年度（令和7年度）の確定額は2026年3月中下旬に発表されるため、現時点での最新かつ正確な比較データです。
（単位：百万円、端数切捨て。日本私立学校振興・共済事業団 2025年3月発表のデータ）
| 順位 | 大学名 | 助成金額（合計） | 備考 |
| 1 | 慶應義塾大学 | 約 8,011 | 総合大学として国内私大屈指の規模 |
| 2 | 昭和医科大学 | 約 5,724 | 医科系複合大としてトップ |
| 3 | 東海大学 | 約 5,696 | |
| 4 | 北里大学 | 約 5,084 | |
| 5 | 近畿大学 | 約 4,498 | 西日本の私大医学部校でトップ |
| 6 | 順天堂大学 | 約 4,286 | |
| 7 | 日本医科大学 | 約 3,962 | |
| 8 | 東京慈恵会医科大学 | 約 3,951 | |
| 9 | 帝京大学 | 約 3,625 | 文系学部含む総合規模を反映 |
| 10 | 福岡大学 | 約 3,313 | |
| 11 | 東京医科大学 | 約 3,307 | |
| 12 | 自治医科大学 | 約 3,256 | |
| 13 | 聖マリアンナ医科大学 | 約 2,950 | |
| 14 | 国際医療福祉大学 | 約 2,817 | 成田キャンパス医学部開設以降、高水準 |
| 15 | 久留米大学 | 約 2,752 | |
| 16 | 東邦大学 | 約 2,646 | |
| 17 | 獨協医科大学 | 約 2,472 | |
| 18 | 埼玉医科大学 | 約 2,426 | |
| 19 | 関西医科大学 | 約 2,267 | |
| 20 | 藤田医科大学 | 約 1,988 | |
| 21 | 杏林大学 | 約 1,770 | |
| 22 | 兵庫医科大学 | 約 1,719 | |
| 23 | 愛知医科大学 | 約 1,595 | |
| 24 | 金沢医科大学 | 約 1,563 | |
| 25 | 岩手医科大学 | 約 1,525 | |
| 26 | 大阪医科薬科大学 | 約 1,489 | |
| 27 | 東北医科薬科大学 | 約 1,353 | |
| 28 | 川崎医科大学 | 約 1,332 | |
| – | 日本大学 | 0 | 不祥事により「全額不交付」継続 |
| – | 東京女子医科大学 | 0 | 元理事長の事件等により「全額不交付」 |
※ 産業医科大学については、厚生労働省からの拠出金（産業医学振興助成金）という特殊な形態で運営されているため、上記の文科省管轄のランキングからは除外しています。
追加の解説
- 国際医療福祉大学: 医学部が比較的新しい（2017年開設）ものの、他学部を含めた学生数・教員数が多く、助成金額はすでに伝統校の中位に食い込んでいます。
- 東北医科薬科大学: 東日本大震災後の特例で医学部が設置された経緯があり、学生数規模に対して効率的な運営がなされていますが、歴史ある総合医科大と比較すると金額は低めに出ます。
- 「0」の大学について: 日本大学と東京女子医科大学は、ガバナンスの問題により多額の助成金を失っています。特に日大は約90億円、女子医大は約20億円近い公的支援が絶たれており、経営への影響が注視されています。
- 東京女子医科大学：2月20日に2026年度も引き続き全額不交付と発表されました。
- 助成金カットによる学費への影響：過去に助成金カットによって学費の値上げが行われた大学はありません。これは内部留保での対応と、社会的批判の回避が目的です。東京女子医大は数年前に学費の値上げが行われましたが、これも助成金不交付の